Postdoc datamanager BioDORA

Intro

Bij zowel kankeronderzoek als bij neuro-onderzoek is het belangrijk om de ziekte vroeg op te sporen. BioDORA gaat het (her)gebruik van klinische data en biomateriaal in biobanken faciliteren en stimuleren. Wil jij bijdragen aan dit onderzoek? Solliciteer direct!

Wat ga je doen?

Als datamanager of postdoc ben je verantwoordelijk voor het beheren, monitoren en optimaliseren van de datastromen, het registreren van data volgens de FAIR-principes en het uitgeven van klinische en biomarker datasets aan onze onderzoekers. Daarnaast maak je deel uit van de werkgroep BioDORA en GenBioDORA en stuur je hierin data stewards aan. Je gaat verschillende case studies verder uitwerken en wetenschappelijke projecten vormgeven binnen BioDORA.

Je fungeert hierbij als schakelpunt tussen klinisch onderzoekers, de database van het Amsterdam Dementia Cohort, Parkinson en Bewegingsstoornissencentrum, Multiple Sclerosis centrum en Cancer Centrum Amsterdam en ondersteunende afdeling zoals ICT, Business Intelligence, en Research Data Management.

Je belangrijkste taken en verantwoordelijkheden zijn:

• Automatiseren, beheren en monitoren van de datastromen in de verschillende informatie systemen (EPIC, GLIMS, Open Specimen en research data portal) van de verschillende cohorten.
• Actief meedenken over en implementeren van nieuwe integraties tussen patiënt informatie systemen en het Cancer cohort, Amsterdam Dementia Cohort, Parkinson cohort en Multiple Sclerosis cohort.
• Ondersteuning van onderzoekers bij het opstellen van data aanvragen.
• Uitgifte van data aan onderzoekers binnen en buiten ons centrum.
• Coördinatie van case studies: 1) Pan-kanker biobank en 2) Mining van de Neuro-biobanken om patiënten met tumoren en (vroegstadium) neurologische patiënten te identificeren of ziektemechanismen/biomarkers te identificeren die bij zowel kanker als neurodegeneratieve ziekten kenmerkend zijn.

Wat neem je mee?

Je bent afgestudeerd in medische informatiekunde of een aanverwante opleiding, of je bent een postdoc met een andere achtergrond met affiniteit met neurologische of oncologisch wetenschappelijk onderzoek. Jij werkt nauwkeurig, bent proactief en je werkt graag samen binnen een divers team bestaande uit onderzoekers, informatie architecten, en data stewards. Verder:

• Heb je minimaal drie jaar werkervaring in data science, medische informatiekunde, of aan data science verwante projecten vanuit de Neurowetenschappen, Neuropsychologie, Neurologie, of oncologie veld, bijvoorbeeld in het kader van een promotie.
• Ben je thuis in de epidemiologie.
• Heb je goede communicatieve vaardigheden.
• Heb je bij voorkeur ervaring met klinische onderzoek of biobanking, SQL, Microsoft Access, UNIX, Python.
• Beheers je de Nederlandse taal uitstekend.

Wat bieden we jou?

• Een vliegende start van jouw carrière in het onderzoekswerk.
• Alle ruimte voor jouw drive om de zorg van morgen vorm te geven.
• Werken aan grootschalig én eigen onderzoek, met gemotiveerde collega’s uit alle hoeken van de wereld.
• Je treedt in dienst bij Amsterdam UMC Research BV.
• Deze functie is voor 32 uur per week. Wij bieden in eerste instantie een contract voor een jaar, dat bij goed functioneren kan worden verlengd naar 5 jaar.
• Inschaling in salarisschaal 10: € 3.493 tot € 5.504 bruto bij een fulltime dienstverband (afhankelijk van opleiding en ervaring) en een eindejaarsuitkering van 8,3%. Bereken hier jouw netto salaris.
• Vakantie-uren: 186,4 uur per jaar bij een fulltime dienstverband en een mogelijkheid om uren bij te sparen.
• Pensioenopbouw bij BeFrank, een modern, begrijpelijk en eerlijk geprijsd pensioen.
• Bij 7 km of meer (enkele reis) 100% OV-vergoeding en bij eigen vervoer €0,18 per km tot maximaal 40 km enkele reis.
• Kom je liever lopend of op de fiets? Maak gebruik van onze goede fietsregeling. Je ontvangt een vergoeding à €0,18 per km.

Bekijk deze video met meer informatie over de indiensttreding bij Amsterdam UMC Research BV.

Waar ga je werken?

Je bent werkzaam binnen de afdeling Anatomie en Neurowetenschappen, Neurologie en het kankercentrum als datamanager/onderzoeker. Je gaat bijdragen aan ADORE, een nieuw initiatief van Amsterdam UMC waarbij de samenwerking tussen onderzoekers van het Kanker Centrum Amsterdam en Neuroscience Amsterdam centraal staat. Zie ook de websites van ADORE, Clinical Neuroanatomy and Biobanking en Cancer Center Amsterdam.

Je zal nauw samenwerken met dr. Wilma D.J. van de Berg (head of section Clinical Neuranatomy and Biobanking; Parkinson en Bewegingsstoornissen biobank) en dr. Maarten Bijlsma (scientific Director Cancer Center Amsterdam). Tevens zal je nauw samenwerken met dr. Casper de Boer (Amsterdam Dementia Cohort), prof. dr. Charlotte Teunissen (Dementia and Multiple Sclerosis biobank) en het team van GenBioDORA, onder leiding van prof. dr. Bauke Ylstra (head of Tumor Genome Analysis Core in Pathology) en dr. Henne Holstege (AlzheimerGenetics Hub).

Wat ga je onderzoeken?

Binnen Amsterdam UMC gaan patiëntenzorg en wetenschappelijk onderzoek hand in hand. Alle patiënten die in het kader van diagnostiek en behandeling onze poli bezoeken, worden gevraagd om deel te nemen aan wetenschappelijke onderzoeken om de diagnose en behandeling van kanker en neurodegeneratieve ziekten te verbeteren. Zowel voor de behandeling van kanker als van neurologische aandoeningen zijn biomarkers van essentieel belang. Het zijn bijvoorbeeld cellen, eiwitten of moleculen die iets zeggen over de aanwezigheid van kanker, Alzheimer of een andere aandoening.  Ze informeren onderzoekers, artsen en patiënten over belangrijke eigenschappen van de ziekte en kunnen helpen om het ziektebeloop of succes van een behandeling te voorspellen.

Bij een heleboel onderzoeken staan patiënten biomateriaal af. Denk aan hersenvocht, bloed, urine of weefsel en DNA. Het ADORE-project BioDORA (Biomarkers Platform Oncology and Neuroscience Research Amsterdam) gaat systematisch biomateriaal en klinische data van patiënten verzamelen, analyseren en het (her)gebruik stimuleren. BioDORA wil bestaande biobankcollecties ontsluiten en beter benutten, door het materiaal te harmoniseren makkelijker en beter toegankelijk maken. De bestaande biobanken worden aangevuld met biomateriaal en data van nieuwe patiënten. Bij deze patiënten zal een standaardset aan biomateriaal worden afgenomen. Dat gebeurt met patiënten uit verschillende cohorten. Een cohort is een groep patiënten die gedurende langere tijd wordt gevolgd. Dat kan soms een periode van vele jaren zijn. Deze patiënten komen in die periode regelmatig op controle. Elke keer wordt er materiaal afgenomen (bloedmonsters bijvoorbeeld), dat wordt geanalyseerd en bewaard.

BioDORA gaat een grote hoeveelheid gegevens opleveren. Via een centraal dashboard, het Research Data Portal, worden de klinische, biomarker en genetische gegevens ontsloten. Onderzoeksgroepen kunnen dan beter hun kennis over verschillende aandoeningen uitwisselen. De verwachting is dat dit de ontwikkeling van biomarkers voor klinische toepassing zal versnellen. Het BioDORA team werkt nauw samen met Gen-BioDORA dat de infrastructuur verzorgt voor de genetische data.

 

Tijdens de publicatieperiode worden sollicitaties continu behandeld. Als de vacature vervuld is, wordt de deze tussentijds gesloten.

Let op: de eerste ronde gesprekken staat gepland voor 19 december (online). De tweede ronde van gesprekken volgt in principe in januari 2025 (live). We vragen je hier vast rekening mee te houden in jouw agenda.

Heb je nog vragen? Voor inhoudelijke informatie over de vacature kun je terecht bij dr. W.D.J. van de Berg via CNAB@amsterdamumc.nl.

Voor meer informatie over de sollicitatieprocedure kun je terecht bij Rhiannon Sandfort, Recruitment adviseur, via r.e.sandfort@amsterdamumc.nl.

Een referentiecheck, screening en aanwervingstest kunnen deel uitmaken van de procedure. Lees hier of dat voor u geldt. Als u bij ons komt werken, vragen wij u om een ??VOG (Verklaring Omtrent Gedrag).

Interne kandidaten krijgen bij gelijke geschiktheid voorrang op externe kandidaten.

Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld.